ブレンダーに他のソフトからメッシュをインポートした時に三角形や四角形にねじれた法線などを修正する方法を1から紹介している動画が公開されています。汚いモデルをベースにその面に沿って形状を1から作成する事もできますがDecimateのモディファイヤーを重ねて手数を減らして綺麗なモデルを作る方法もあるので参考にしてみてください。
読み込んだモデルがこちらです。屋根部分がポリゴン数が多く法線方向の影響から黒くなっている部分もあります。



Angle Limiteを0.5のUVを選び凹みのラインを調整して、




